vestifmИзвестия Национальной академии наук Беларуси. Серия физико-математических наукProceedings of the National Academy of Sciences of Belarus. Physics and Mathematics Series1561-24302524-2415The Republican Unitary Enterprise Publishing House "Belaruskaya Navuka"vestifm-182Research ArticleИНФОРМАТИКАINFORMATICSПОИСК МУТАЦИЙ В ГЕНОМНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ M. TUBERCULOSIS, СВЯЗАННЫХ С ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТЬЮSEARCH FOR DRUG-RESISTANCE MUTATIONS IN M. TUBERCULOSIS GENOME SEQUENCESСергеевР. С.SergeevR. S.roma.sergeev@gmail.comКовалевИ. С.KavaliouI. S.ivanich3d@gmail.comОбъединенный институт проблем информатики Национальной академии наук БеларусиUnited Institute of Informatics Problems of the National Academy of Sciences of BelarusEPAM SystemsEPAM Systems20160308201602109114Copyright © Сергеев Р.С., Ковалев И.С., 20162016Сергеев Р.С., Ковалев И.С.Sergeev R.S., Kavaliou I.S.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vestifm.belnauka.by/jour/article/view/182

В настоящей работе исследуются методы полногеномного поиска ассоциаций. Представлена методология, позволяющая осуществлять поиск геномных маркеров лекарственной устойчивости к противомикробным препаратам. Приводятся результаты экспериментов по поиску мутаций резистентности к основным противотуберкулезным препаратам на основании данных о пациентах из Беларуси.

 

We investigate algorithms for genome-wide association studies. A methodology is proposed that allows searching for drugresistance mutations in mycobacterium tuberculosis whole genomes. We present the experimental results on identification of resistance mutations to major anti-TB agents using patientsʼ data from Belarus.

 

полногеномный поиск ассоциацийбиоинформатикалекарственная устойчивостьрегрессиярегуляризациястохастический поискстатистическая проверка гипотезgenome-wide associationbioinformaticsdrug resistanceregressionregularizationstochastic searchstatistical hypothesis testingReferencesAgresti, A. An Introduction to Categorical Data Analysis / A. Agresti. – Hoboken, 2002.Agresti, A. An Introduction to Categorical Data Analysis / A. Agresti. – Hoboken, 2002.Principal components analysis corrects for stratification in genome-wide association studies / A. L. Price [et al.] // Nat. Genet. – 2006. – N 38 (8). – P. 904–909.Principal components analysis corrects for stratification in genome-wide association studies / A. L. Price [et al.] // Nat. Genet. – 2006. – N 38 (8). – P. 904–909.Zou, H. Regularization and variable selection via the elastic net / H. Zou, T. Hastie // J. R. Statist. Soc. B. – 2005. – N 67 (2). – P. 301–320.Zou, H. Regularization and variable selection via the elastic net / H. Zou, T. Hastie // J. R. Statist. Soc. B. – 2005. – N 67 (2). – P. 301–320.Zhou, X. Genome-wide efficient mixed-model analysis for association studies / X. Zhou, M. Stephens // Nature Genetics. – N 44 (7). – 2012. – P. 821–824.Zhou, X. Genome-wide efficient mixed-model analysis for association studies / X. Zhou, M. Stephens // Nature Genetics. – N 44 (7). – 2012. – P. 821–824.Efficient control of population structure in model organism association mapping / H. M. Kang [et al.] // Genetics. – N 178 (3). – 2008. – P. 1709–1723.Efficient control of population structure in model organism association mapping / H. M. Kang [et al.] // Genetics. – N 178 (3). – 2008. – P. 1709–1723.Dobra, A. The mode-oriented stochastic search (MOSS) for log-linear models with conjugate priors / A. Dobra, H. Massam // Statistical methodology. – 2010. – N 7. – P. 240–253.Dobra, A. The mode-oriented stochastic search (MOSS) for log-linear models with conjugate priors / A. Dobra, H. Massam // Statistical methodology. – 2010. – N 7. – P. 240–253.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.