ПОИСК МУТАЦИЙ В ГЕНОМНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ M. TUBERCULOSIS, СВЯЗАННЫХ С ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТЬЮ
Аннотация
В настоящей работе исследуются методы полногеномного поиска ассоциаций. Представлена методология, позволяющая осуществлять поиск геномных маркеров лекарственной устойчивости к противомикробным препаратам. Приводятся результаты экспериментов по поиску мутаций резистентности к основным противотуберкулезным препаратам на основании данных о пациентах из Беларуси.
Об авторах
Р. С. Сергеев
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь
Беларусь
И. С. Ковалев
EPAM Systems
Беларусь
Беларусь
Список литературы
1. Agresti, A. An Introduction to Categorical Data Analysis / A. Agresti. – Hoboken, 2002.
2. Principal components analysis corrects for stratification in genome-wide association studies / A. L. Price [et al.] // Nat. Genet. – 2006. – N 38 (8). – P. 904–909.
3. Zou, H. Regularization and variable selection via the elastic net / H. Zou, T. Hastie // J. R. Statist. Soc. B. – 2005. – N 67 (2). – P. 301–320.
4. Zhou, X. Genome-wide efficient mixed-model analysis for association studies / X. Zhou, M. Stephens // Nature Genetics. – N 44 (7). – 2012. – P. 821–824.
5. Efficient control of population structure in model organism association mapping / H. M. Kang [et al.] // Genetics. – N 178 (3). – 2008. – P. 1709–1723.
6. Dobra, A. The mode-oriented stochastic search (MOSS) for log-linear models with conjugate priors / A. Dobra, H. Massam // Statistical methodology. – 2010. – N 7. – P. 240–253.
Рецензия
Просмотров: 647
Послать статью по эл. почте 